县境位于扬子断块区内苏北断陷盆地的东北部，地层发育齐全，沉积一套浅海相、滨海相及陆相物质。第四纪沉积厚度为150米左右。县境地质构造主要是由一系列北东向褶皱、断裂，以及配套的横张或张扭性断裂组成的滨海断褶皱带。地质构造滨海断褶带在中生代印支～燕山早期褶皱隆起，遭受到剥蚀，直到第三纪时才被覆盖。县境绝大部分地区为隆起区。滨海断褶带的主要褶皱自北向南有：小喜滩向斜，新淮河口背斜，康庄～新滩盐场背斜，东坎～滨淮倒转向斜，八滩南背斜等。褶皱轴大致平行，背斜皆向北东昂起，向南西倾伏。滨海断褶带内断裂，是以一系列平行的北东向断裂为主。自北向南主要有穆庄～新星断裂、界牌～滨淮农场断裂、八滩～小街断裂和新港断裂。除界牌～滨淮农场断裂与新港断裂为逆向断层外，其余均为正断层。断裂长10余千米至数十千米，最长的74千米左右。除穆庄～新星断裂切割白垩纪上统浦口组外，其余均发育于古生代。

县境地处黄河故道、中山河与射阳河之间，全部为黄淮冲积平原，地势平坦。地形总体呈西北高、东南低趋势。地面海拔高度一般在0.6米～11米之间。全县地势，可以分为海相沉积沙冈古土壤区、黄河故道沿岸高滩地区、黄泛坡地区、渠南水网地区、翻身河低洼地区。